Για τη βελτίωση της λειτουργίας του Δ.Π.Μ.Σ. ακολουθείται διαδικασία υποβολής και διαχείρισης παραπόνων και ενστάσεων των μεταπτυχιακών φοιτητών/τριών. Η συγκεκριμένη διαδικασία αφορά σε όλα τα παράπονα που άπτονται της ποιότητας των παρεχόμενων από το Δ.Π.Μ.Σ. εκπαιδευτικών και διοικητικών υπηρεσιών.

Επίσης, στο πλαίσιο αποτελεσματικότερης υποστήριξης των φοιτητών/τριών Δ.Π.Μ.Σ. ορίζεται για κάθε φοιτητή/ φοιτήτρια ένας ακαδημαϊκός σύμβουλος.